Ngoài việc khai thác quá mức, sự ô nhiễm môi trường biển cũng là một vấn đề nghiêm trọng mà Phú Quý đang phải đối mặt. Rác thải nhựa, nước thải công nghiệp, và các chất ô nhiễm khác đang ngày càng xâm lấn vào vùng biển của Phú Quý, làm giảm chất lư
Các vùng hoang dã là phòng thí nghiệm tự nhiên hoàn hảo cho các nghiên cứu sinh thái học, khí hậu học và môi trường. Chúng giúp các nhà khoa học hiểu rõ hơn về các quá trình sinh học, từ sự phát triển của thực vật đến hành vi của động vật hoang dã.