Sau hai phần đầu mang tính nền tảng, "Samurai III" được xây dựng trên một cốt truyện mang chiều sâu triết lý, phản ánh sự đấu tranh nội tâm giữa giá trị truyền thống và áp lực hiện đại. Nhân vật chính – Takeo – là hậu duệ của một gia tộc Samurai cổ
Trong suốt chiều dài lịch sử của loài người, tội phạm và công lý luôn là hai mặt đối lập không thể tách rời. Một bên là bóng tối của lòng tham, dục vọng, sự tuyệt vọng hay thù hận; bên kia là ánh sáng của luật pháp, đạo đức và niềm tin vào công lý.